Reconstruire le microbiote avec des espèces perdues – Avec un yaourt à base de L. reuteri, L. rhamnosus et B. infantis

Mis à jour le 11 juillet 2025

Recette : Préparer soi-même un yaourt avec L. reuteri, L. rhamnosus et B. infantis

Convient également aux personnes intolérantes au lactose (voir les remarques ci-dessous).

Ingrédients (pour environ 1 litre de yaourt)

• 4 gélules de L. reuteri (5 milliards UFC par gélule)

• 2 gélules de L. rhamnosus (10 milliards UFC par gélule)

• 2 gélules de B. infantis (1 milliard UFC par gélule)

• 1 cuillère à soupe d’inuline (en cas d’intolérance au fructose : GOS ou XOS en alternative)

• 1 litre de lait entier bio à 3,8 % de matières grasses, UHT et homogénéisé

• Plus le taux de matières grasses est élevé, plus le yaourt sera épais

Remarque

- 1 gélule de L. reuteri contient au moins 5 × 10⁹ UFC

- UFC signifie unités formant colonie, c’est-à-dire le nombre de micro-organismes vivants présents dans une préparation

Conseils sur le choix du lait et la température

- Ne pas utiliser de lait frais car il n’est pas suffisamment stable pour les longues fermentations et n’est pas stérile

- Le lait UHT est idéal car il est stérile et peut être utilisé tel quel

- Le lait doit être à température ambiante ou chauffé doucement au bain-marie à 38 °C.

- Éviter les températures plus élevées car à partir de 44 °C les cultures probiotiques peuvent être endommagées ou détruites

Préparation

1. Ouvrir les 8 gélules et verser la poudre dans un petit bol
2. Ajouter 1 cuillère à soupe d’inuline par litre de lait pour nourrir les bactéries
En cas d’intolérance au fructose utiliser du GOS ou du XOS
3. Ajouter 2 cuillères à soupe de lait dans le bol et bien mélanger pour éviter les grumeaux
4. Ajouter ensuite le reste du lait et bien homogénéiser
5. Verser le mélange dans un récipient adapté à la fermentation comme un bocal en verre
6. Placer dans une yaourtière, régler à 38 °C et laisser fermenter pendant 36 heures

Pourquoi 36 heures ?

La durée de fermentation choisie est scientifiquement justifiée : Limosilactobacillus reuteri double environ toutes les 3 heures. En 36 heures, cela correspond à 12 cycles de doublement – ce qui entraîne une multiplication exponentielle et une forte concentration de microbes probiotiques actifs dans le produit fini. De plus, grâce à une maturation plus longue, les acides lactiques sont stabilisés et les cultures deviennent particulièrement résistantes.

À noter absolument !

La première fournée échoue souvent pour de nombreux utilisateurs. Cependant, elle ne doit pas être jetée. Il est conseillé d’utiliser plutôt deux cuillères à soupe de cette première fournée pour lancer une nouvelle préparation. Si celle-ci échoue également, vérifiez la température de votre yaourtière. Sur les appareils où la température peut être réglée au degré près, le premier essai réussit généralement bien.

Conseils pour des résultats parfaits

La première fournée est souvent un peu plus liquide ou granuleuse. Utilisez 2 cuillères à soupe de la fournée précédente comme starter pour la suivante – à chaque nouvelle préparation, la consistance s’améliore.
Plus de matière grasse = consistance plus épaisse : plus la teneur en matière grasse du lait est élevée, plus le yaourt sera crémeux.
Le yaourt fini se conserve jusqu’à 9 jours au réfrigérateur.

Conseil de consommation

Consomme environ une demi-tasse (environ 125 ml) de yaourt chaque jour – idéalement de manière régulière, de préférence au petit-déjeuner ou en collation. Ainsi, les microbes contenus peuvent se développer de façon optimale et soutenir durablement ton microbiome.

Fabrication de yaourt avec du lait végétal – une alternative avec du lait de coco

Pour ceux qui envisagent d’utiliser des alternatives végétales au lait pour fabriquer le yaourt SIBO en raison d’une intolérance au lactose, il faut savoir que ce n’est dans la plupart des cas pas nécessaire. Pendant la fermentation, les bactéries probiotiques dégradent la majeure partie du lactose contenu – le yaourt fini est donc souvent bien toléré même en cas d’intolérance au lactose.

Cependant, pour des raisons éthiques (par exemple en tant que végétalien) ou pour éviter les hormones présentes dans le lait animal pour des raisons de santé, on peut se tourner vers des alternatives végétales comme le lait de coco. La fabrication de yaourt avec du lait végétal est cependant plus technique car la source naturelle de sucre (le lactose) utilisée par la bactérie comme source d’énergie est absente.

Avantages et défis

Un avantage des produits laitiers végétaux est qu’ils ne contiennent pas d’hormones comme celles que l’on peut trouver dans le lait de vache. Cependant, beaucoup de personnes rapportent que la fermentation avec du lait végétal fonctionne souvent de manière peu fiable. Le lait de coco en particulier a tendance à se séparer lors de la fermentation – en phases aqueuses et en parties grasses – ce qui peut affecter la texture et le goût.

Les recettes avec gélatine ou pectine donnent parfois de meilleurs résultats mais restent peu fiables. Une alternative prometteuse est l’utilisation de la gomme de guar qui favorise non seulement la consistance crémeuse souhaitée mais agit aussi comme fibre prébiotique pour le microbiome.

Recette : Yaourt au lait de coco avec gomme de guar

Cette base permet une fermentation réussie du yaourt au lait de coco et peut être préparée avec la souche bactérienne de votre choix – par exemple avec L. reuteri ou un produit de départ d’une fournée précédente.

Ingrédients

• 1 boîte (env. 400 ml) de lait de coco (sans additifs comme le xanthane ou le gélan, la gomme de guar est autorisée)
  
• 1 cuillère à soupe de sucre (saccharose)
  
• 1 cuillère à soupe de fécule de pomme de terre crue
  
• ¾ cuillère à café de gomme de guar (pas la forme partiellement hydrolysée)
  
• Culture bactérienne de votre choix (par ex. le contenu d’une capsule de L. reuteri avec au moins 5 milliards d’unités formant colonie)
• ou 2 cuillères à soupe de yaourt d’une fournée précédente

Préparation

1. Chauffage
Chauffer le lait de coco dans une petite casserole à feu moyen jusqu’à environ 82 °C (180 °F) et maintenir cette température pendant 1 minute.

2. Incorporation de la fécule
Incorporer le sucre et la fécule de pomme de terre en remuant. Retirer ensuite du feu.

3. Ajout de la gomme de guar
Après environ 5 minutes de refroidissement, incorporer la gomme de guar. Mixer ensuite au mixeur plongeant ou dans un blender pendant au moins 1 minute – cela garantit une consistance homogène et épaisse (similaire à de la crème).

4. Refroidissement
Laisser refroidir à température ambiante.

5. Ajout des bactéries
Incorporer délicatement la culture probiotique (ne pas mixer).

6. Fermentation
Verser la préparation dans un récipient en verre et fermenter pendant 48 heures à environ 37 °C (99 °F).

Pourquoi la gomme de guar ?

La gomme de guar est une fibre naturelle extraite de la graine de guar. Elle est principalement composée de molécules de sucre comme le galactose et le mannose (galactomannane) et agit comme une fibre prébiotique fermentée par les bactéries intestinales bénéfiques – produisant ainsi des acides gras à chaîne courte comme le butyrate et le propionate.

Avantages de la gomme de guar :

• Stabilisation de la base du yaourt : elle empêche la séparation entre la matière grasse et l’eau
  
• Effet prébiotique : favorise la croissance de bactéries bénéfiques comme Bifidobacterium, Ruminococcus et Clostridium butyricum
  
• Meilleur équilibre du microbiote : utile pour les personnes souffrant du syndrome de l’intestin irritable ou de selles molles
  
• Amélioration de l’efficacité des antibiotiques : des études ont montré un taux de réussite supérieur de 25 % dans le traitement du SIBO (prolifération bactérienne de l’intestin grêle)
  

Important : n’utilisez pas la forme partiellement hydrolysée de la gomme de guar – elle ne forme pas de gel et ne convient pas à la fabrication de yaourt.

Pourquoi nous recommandons 3 à 4 capsules par préparation

Pour une première fermentation avec Limosilactobacillus reuteri, nous recommandons d’utiliser 3 à 4 capsules (15 à 20 milliards d’unités formant colonie) par préparation.

Ce dosage repose sur les recommandations du Dr William Davis, qui explique dans son livre Super Gut (2022) qu’une quantité initiale d’au moins 5 milliards d’UFC est nécessaire pour garantir une fermentation réussie. Une dose de départ plus élevée – environ 15 à 20 milliards d’UFC – s’est révélée particulièrement efficace.

Contexte : L. reuteri double environ toutes les 3 heures dans des conditions optimales. Pendant une fermentation classique de 36 heures, il y a donc environ 12 cycles de multiplication. Cela signifie qu’une petite quantité initiale pourrait théoriquement suffire à produire une grande population bactérienne.

En pratique, une forte dose de départ est néanmoins recommandée pour plusieurs raisons. D’abord, elle augmente les chances que L. reuteri s’impose rapidement face aux éventuels germes indésirables. Ensuite, une concentration initiale élevée permet une baisse régulière du pH, ce qui stabilise les conditions de fermentation. Enfin, une densité trop faible peut retarder le démarrage de la fermentation ou entraîner une croissance insuffisante.

C’est pourquoi nous recommandons d’utiliser 3 à 4 capsules pour le premier essai afin de garantir un bon démarrage de la culture. Une fois la première fermentation réussie, le yaourt peut en général être utilisé jusqu’à 20 fois pour réensemencer avant qu’il ne soit nécessaire d’ajouter une nouvelle culture.

Redémarrer après 20 fermentations

Une question fréquente concernant la fermentation avec Limosilactobacillus reuteri est la suivante : combien de fois peut-on réutiliser un yaourt comme base avant de devoir utiliser une nouvelle culture de départ ? Dans son livre Super Gut(2022), le Dr William Davis recommande de ne pas dépasser 20 générations (ou fournées) consécutives avec un yaourt fermenté à base de reuteri. Mais ce chiffre repose-t-il sur une base scientifique ? Et pourquoi exactement 20 – pas 10, pas 50 ?

Que se passe-t-il lors du réensemencement ?

Une fois que vous avez fabriqué un yaourt à base de reuteri, vous pouvez l’utiliser comme base pour une nouvelle préparation. Cela signifie que vous transférez des bactéries vivantes du produit fini vers un nouveau milieu nutritif (comme du lait ou une alternative végétale). C’est une méthode écologique, qui économise les capsules, et qui est souvent pratiquée.

Mais cette pratique répétée entraîne un problème biologique :
la dérive microbienne.

Dérive microbienne – comment les cultures évoluent

À chaque nouvelle génération, la composition et les propriétés de la culture bactérienne peuvent évoluer progressivement. Plusieurs raisons expliquent ce phénomène :

• Mutations spontanées lors de la division cellulaire (surtout en cas de forte activité dans un environnement chaud)
  
• Sélection de sous-populations spécifiques (par exemple, les souches à croissance rapide remplacent les plus lentes)
  
• Contamination par des microbes indésirables de l’environnement (comme les germes présents dans l’air ou dans la cuisine)
  
• Adaptations liées aux nutriments (les bactéries « s’habituent » à certains types de lait et modifient leur métabolisme)
  

Le résultat : après plusieurs générations, il n’est plus garanti que la même espèce bactérienne – ou du moins la même variante physiologiquement active – soit encore présente dans le yaourt.

Pourquoi le Dr Davis recommande 20 générations

Le Dr William Davis a initialement développé la méthode du yaourt à base de L. reuteri pour ses lecteurs, afin de cibler certains bienfaits pour la santé (par exemple la libération d’ocytocine, un meilleur sommeil, une amélioration de la peau). Dans ce contexte, il écrit qu’une souche fonctionne « environ pendant 20 générations » de manière fiable avant qu’il ne faille utiliser une nouvelle culture de départ provenant d’une capsule (Davis, 2022).

Cela ne repose pas sur des tests de laboratoire systématiques, mais sur une expérience pratique en fermentation et sur les retours de sa communauté.

« After about 20 generations of re-use, your yogurt may lose potency or fail to ferment reliably. At that point, use a fresh capsule again as starter. »
— Super Gut, Dr William Davis, 2022

Il justifie ce chiffre de manière pragmatique : après environ 20 réutilisations, le risque d’apparition de changements indésirables augmente – par exemple une texture plus liquide, un arôme modifié ou une efficacité réduite sur la santé.

Existe-t-il des études scientifiques à ce sujet ?

À ce jour, il n’existe pas d’étude scientifique spécifique sur le yaourt à base de L. reuteri au-delà de 20 cycles de fermentation. Toutefois, des recherches sur la stabilité des bactéries lactiques au fil des passages successifs existent :

• En microbiologie alimentaire, on estime généralement que des altérations génétiques peuvent survenir après 5 à 30 générations, selon l’espèce, la température, le milieu et les conditions d’hygiène (Giraffa et al., 2008).

• Des études de fermentation avec Lactobacillus delbrueckii et Streptococcus thermophilus montrent qu’après environ 10 à 25 générations, des changements dans la performance de fermentation peuvent apparaître (par exemple acidité réduite, arôme différent) (O’Sullivan et al., 2002).

• Concernant Lactobacillus reuteri en particulier, on sait que ses propriétés probiotiques varient fortement selon le sous-type, l’isolat et les conditions environnementales (Walter et al., 2011).

Ces données suggèrent que 20 générations représentent un seuil prudent et raisonnable pour préserver l’intégrité de la culture – surtout si l’on souhaite maintenir les effets bénéfiques (comme la production d’ocytocine).

Conclusion : 20 générations comme compromis pratique

Est-ce que 20 est un chiffre « magique » ? Pas scientifiquement. Mais :

• Jeter une culture après moins de 10 lots est souvent inutile.

• Prolonger au-delà de 30 lots augmente le risque de mutations ou de contaminations.

• 20 lots correspondent à environ 5 à 10 mois d’utilisation (selon la fréquence) – un bon intervalle pour recommencer à neuf.

Recommandation pratique :

Après 20 préparations de yaourt au maximum, il est conseillé de repartir avec une culture fraîche issue de capsules – surtout si vous utilisez L. reuteri spécifiquement comme espèce perdue pour restaurer votre microbiome.

Bienfaits quotidiens